Le Rhône est une formidable ressource en eau, un lieu propice à la production d'énergie et un axe de transit particulier. Les interactions des projets conduisent Territoire Rhône à suivre l'évolution de ces thématiques.
L'étendue géographique du Rhône et la grande diversité des influences climatiques que l'on n'y retrouve donnent au fleuve toute sa richesse écologique.
Les aménagements successifs, la disparition des lônes, la pollution des eaux et des sédiments ont entrainées des modifications de l'habitat et de la répartition des espèces. Avec la mise en place du programme décennal de réhabilitation hydraulique et écologique, auquel participait Territoire Rhône, des efforts importants ont été réalisés pour sauvegarder la biodiversité du fleuve.
Au travers des actions entreprises pour favoriser la circulation des poissons migrateurs (Plan Migrateurs Rhône Méditerranée...) et améliorer la qualité des eaux (SDAGE, Plan Rhône...), les collectivités et l'Etat ont choisi de s'engager plus activement pour la préservation des écosystèmes du fleuve.
Les publications du Groupe d'Experts Intergouvernemantal sur l'Evolution du Climat (GIEC) annoncent que les températures continueront d'augmenter dans le futur.
Les premières simulations réalisées sur le Rhône soulignent une baisse de l'influence du régime nival et une hausse de l'influence du régime pluviale. Cette nouvelle contrainte environnementale pourrait peser dans les années à venir sur le fonctionnement écologique du fleuve...
La régression importante des populations migrateurs amphihalins sur le Rhône et les affluents a conduit à la mise en place du "Plan Migrateurs Rhône-Méditerranée".Il vise notamment à rétablir la circulation de l'alose sur l'axe de navigation du Rhône et ses affluents et à restaurer la population d'anguilles.
La mise en oeuvre des actions est assurée par l'association Migrateurs Rhône Méditerranée.