Depuis les fortes crues du Rhône de 1993 et 1994 les inondations sont devenues une des préoccupations majeures des collectivités locales et des pouvoirs publics.

Face au risque inondation, les Départements ont choisi de doter Territoire Rhône des compétences nécessaires pour engager la réflexion sur ce risque à l'échelle du bassin.
Ainsi, en 1998, l'Etablissement engageait l'Etude Globale pour une stratégie de réduction des risques dus aux crues du Rhône. Au cours du premier trimestre 2003, Territoire Rhône publiait " les propositions préalables à la définition d'une stratégie globale de réduction des risques dus aux crues du Rhône".
Après l'inondation dramatique de 2003, les collectivités ont décidé de s'unir pour mieux prendre en compte les revendications sociales des populations sinistrées et d'alimenter la réflexion commune sur les enjeux d'aménagement du territoire. Le 27 juin 2005, Territoire Rhône organisait donc avec les Régions Languedoc-Roussillon, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Rhône-Alpes le Symposium final des Etats Généraux du Rhône à Valence.
Cette vaste consultation a permis l'émergence des préoccupations riveraines et a jeté les bases d'un grand projet interrégional pour le Rhône.
En 2005, l'Etat, l'Agence de l'Eau, les Régions et la CNR s'accordaient sur le projet de Plan Rhône, devant permettre de gérer au mieux les contraintes liées au fleuve tout en préservant ses richesses environnementales et en exploitant les potentialités de ce vaste territoire.
Depuis 2006, l'Etat a engagé de profondes réformes pour mieux anticiper les crues. Il a par exemple créé les Services de Prévision des Crues (SPC).
Pour mettre à disposition en temps réel l'information sur les crues, les prévisions réalisées au sein des SPC sont obtenues par l'analyse des données portant sur :
La taille du bassin, les caractéristiques des crues du Rhône ont notamment conduit à la mise en place de trois SPC couvrant le fleuve:
Une carte de vigilance des crues est élaborée et régulièrement mise à jour sur le site : www.vigicrues.ecologie.gouv.fr. Elle permet à tous les publics intéressés, particuliers, professionnels, pouvoirs publics... d'accéder à l'information sur les crues tronçon par tronçon. Si un changement important intervient, cartes et bulletins d'information peuvent être actualisés à tout moment.