Le Conseil d'Administration de Territoire Rhône fixe les grandes orientations qui sont ensuite déclinées en actions opérationnelles et mises en œuvre par l'équipe technique de l'Etablissement...
L'Etablissement est composé de trois pôles qui mettent en oeuvre la politique déterminée par le Conseil d'Administration.
Le Directeur coordonne l'ensemble de ses services autour des pôles :

Le travail de l'Etablissement est réalisé en collaboration avec les services des douze Conseils Généraux qui se réunissent au sein de Territoire Rhône dans le cadre de réunions interservices interdépartementales.
Organe délibérant de Territoire Rhône, le Conseil d'Administration règle l'ensemble des affaires de la compétence de l'Institution Interdépartementale.
Le Conseil d'Administration est composé de 4 délégués par départements, soit 48 membres.
Il est présidé par Marc Bolomey, réélu lors de la séance du 28 mai 2008, assisté par Maurice Michaud, Président délégué. Avec 10 Vice-Présidents et un secrétaire ils constituent le bureau de Territoire Rhône.
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